潔凈室工程設計是一項相關專業綜合完成的設計技術，它與一般工業廠房設計有類似之處但也具有自身的特點，其主要的特點如下。
根據潔凈室工程擬生產的產品的門類、品種或使用情況，確定所設計潔凈室工程的控制對象及技術要求。如對生物潔凈室工程，其控制對象是空氣中的塵粒、微生物；面不同產品或用途的生物潔凈室工程，對空氣潔凈度等級、空氣中含有的微生物種類和濃度、壓差等的要**不問的。
為確保潔凈室工程內所必須的空氣潔凈度，潔凈室工程設計中涉及到的各個專業設計均應采取妥善的、可靠的技術措施，以減少或防止室內產塵、滋生微生物，減少或阻止將微粒微生物或可能會造成交叉污染的物料帶人潔凈室工程內，有效地將室內的微粒微生物排出，以減少或防止它們滯留潔凈室工程內。對于因塵粒脆生物或物料的交叉污染會危害產品雨量或人身**時。
潔凈室工程設計是各專業設計技術的綜合，尤其是潔凈室工程的工藝設計、潔凈建筑設計、空氣凈化設計和各種特殊要求的設計技術的密切協同、相耳滲透和合理安排的綜合設計。潔凈室工程設計應做到順應工藝流程、合理選擇各類設備和裝置、盡力實現人流和物流的順暢短捷、氣流流型選樣得當、凈化空調系統配置合理、各種特殊要求的技術措施得當，潔凈廠房的平面、空間布置合理，實現可靠經濟運行的潔凈廠房設施。
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